Naringin ve Naringenin'in Kardiyovasküler Hastalıklar Üzerindeki Antioksidan Özelliği Moleküler Docking

Ömer Göç

doi:10.5281/zenodo.12610860

Yazarlar

Ömer Göç

DOI:

https://doi.org/10.5281/zenodo.12610860

Anahtar Kelimeler:

Naringin, Naringenin, Moleküler Doking, Kardiyavüsküler, Antioksidant

Özet

Amaç: Flavanonlar olarak bilinen flavonoidlerin bir alt sınıfına ait olan Naringin ve Naringenin, turunçgillerdeki ana biyoaktif bileşiklerdir ve insan sağlığı üzerindeki yararlı etkileri bilinmektedir. Bu çalışmanın amacı; Naringin ve naringenin moleküllerinin antioksidan özelliklerinden dolayı kardiyovasküler sistem üzerindeki etkileri molekül yerleştirme ile incelemektir. Naringin ve Naringenin’in antioksidant proteinine (PDB ID:1HD2) karşı aktivitelerini değerlendirmek için moleküler yerleştirme hesaplamaları kullanmaktır.

Materyal ve Metot: Moleküler docking çalışmaları Chimera 1.17.3, Auto dock vina ve BIOVIA Discovery Studio 2021 Client programları kullanılarak gerçekleştirildi.

Bulgular: Naringin ve Naringenin’in 1HD2 hedef proteinine bağlanma afinitesi sırasıyla -6.4 kcal/mol ve -5.8 kcal/mol olarak hesaplanmıştır. Naringin ligandının GLY, CYS. ASN ve ARG ile H bağları gerçekleştirirken Naringenin ise ASN ve ARG ile gerçekleştirmiştir.

Tartışma ve Sonuç: Yapılan çalışma sonuçları moleküler yerleştirme analizinin sonuçları, hedef reseptör proteinlerinin ve Naringin’in bağlanma afinitesi için mükemmel bir potansiyele sahip olduğunu ve hedef proteinlere karşı bu bileşiğin aktif bölgeye olumlu bir şekilde bağlandığını göstermiştir. Buna göre docking sonuçları aromatik halkaya bağlı hidroksil grubu, hidrojen bağları ve sp2 hibrit orbitaller gibi bazı kimyasal veriler, aktif cepte amino asit kalıntıları ile dipolar ve hidrofobik (tercihen pi-pi) olmak üzere farklı etkileşimlerin varlığını göstermektedir.

Referanslar

Necip A. Kardiyovasküler Hastaliklarda Doğal Ürünler: Kurkumin ve Quercetin Moleküler Docking. Mehes Journal. 2024;2(1), 1-9.

Senoner T, Dichtl W. Oxidative stress in cardiovascular diseases: still a therapeutic target?. Nutrients. 2019;11(9):2090.

Testai L, Calderone V. Nutraceutical Value of Citrus Flavanones and Their Implications in Cardiovascular Disease. Nutrients. 2017;9(5):502.

Cassidy A, Rimm EB, O’Reilly ÉJ, Logroscino G, Kay C, Chiuve SE, et al. Dietary Flavonoids and Risk of Stroke in Women. Stroke. 2012;43(4):946-51.

Chanet A, Milenkovic D, Manach C, Mazur A, Morand C. Citrus flavanones: what is their role in cardiovascular protection? J Agric Food Chem. 2012;60(36):8809-22.

Yamada T, Hayasaka S, Shibata Y, Ojima T, Saegusa T, Gotoh T, et al. Frequency of Citrus Fruit Intake Is Associated With the Incidence of Cardiovascular Disease: The Jichi Medical School Cohort Study. J Epidemiol. 2011;21(3):169-75.

Mulvihill E, Huff M. Citrus flavonoids and the prevention of atherosclerosis. Cardiovasc Hematol Disord Drug Targets. 2012;12(2):84-91.

Stabrauskiene J, Kopustinskiene DM, Lazauskas R, Bernatoniene J. Naringin and Naringenin: Their Mechanisms of Action and the Potential Anticancer Activities. Biomedicines. 2022 (13);10(7):1686.

Panche AN, Diwan AD, Chandra SR. Flavonoids: an overview. J Nutr Sci. 2016;5:e47.

Manchope MF, Casagrande R, Verri WA. Naringenin: An analgesic and anti-inflammatory citrus flavanone. Oncotarget. 2017;8:3766–3767.

Nouri Z, Fakhri S, El-Senduny FF, Sanadgol N, Abd-ElGhani GE, Farzaei MH, Chen JT. On the neuroprotective effects of naringenin: pharmacological targets, signaling pathways, molecular mechanisms, and cinical perspective. Biomolecules. 2019; 9: 690.

Necip A, Işık M, Güzel A, Takim K, Kaygisiz F. LC-MS/MS analysis, antioxidant properties and inhibition effect on some important metabolic enzymes of Nicotiana rustica L. Kahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi Tarım ve Doğa Dergisi. 2021; 24(5): 930-938.

Necip A, Durgun M. Antioxidant properties, total phenolic content and LC-MS/MS analysis of Mentha pulegium, Lepidium draba and Centaurea solstitialis. Journal of the Institute of Science and Technology. 2020; 12(4), 2375-2385.

Rathore KI, Kerr BJ, Redensek A, López-Vales R, Jeong SY, Ponka P, David S. Ceruloplasmin protects injured spinal cord from iron-mediated oxidative damage. J. Neurosci. 2008;28:12736–12747.

Necip A, Işık M. Bioactivities of Hypericum Perforatum L and Equisetum Arvense L fractions obtained with different solvents. International Journal of Life Sciences and Biotechnology. 2019; 2(3), 221-230.

Halliwell B. Free radicals and antioxidants: Updating a personal view. Nutr. Rev. 2012;70:257–265.

Constans J, Bennetau-Pelissero C, Martin JF, Rock E, Mazur A, Bedel A, et al. Marked antioxidant effect of orange juice intake and its phytomicronutrients in a preliminary randomized cross-over trial on mild hypercholesterolemic men. Clin Nutr. 2015;34(6):1093-100.

Khan MK, Zill EH, Dangles O. A comprehensive review on flavanones, the major citrus polyphenols. J Food Compost Anal. 2014;33(1):85-104.

Allouche, A. R. (2011). Gabedit—A graphical user interface for computational chemistry softwares. Journal of computational chemistry. 32(1), 174-182.